Βασικός σκοπός του Οικομουσείου Μαραθάσας είναι η ανάδειξη, κατασκευή, ενεργοποίηση και οργάνωσης ιδιότυπων πόρων, η ανάπτυξη νέας εδαφικής ορεινής οικονομίας και η δημιουργία προοπτικών εγκατάστασης νέου πληθυσμού. Το Οικομουσείο Μαραθάσας αποτελεί ένα ανοικτό οικομουσείο με επίκεντρο τον Άνθρωπο.