Βασικός σκοπός του Οικομουσείου Μαραθάσας είναι η ενεργοποίηση, οργάνωση και ανάδειξη των πόρων της περιοχής, η ανάπτυξη μιας νέας εδαφικής ορεινής οικονομίας και η δημιουργία προοπτικών εγκατάστασης νέου πληθυσμού.

Βασικοί του στόχοι είναι η οικονομική αναζωογόνηση των περιοχών του οικομουσείου, η αναβάθμιση της αξίας των προϊόντων, η ενίσχυση των συμμετοχικών διαδικασιών (συμμετοχική διακυβέρνηση των κοινών), η αξιοποίηση και αναβάθμιση του τοπικού κεφαλαίου (πολιτισμικού, φυσικού, κοινωνικού και οικονομικού), η ανάπτυξης μιας νέας επιχειρηματικής κουλτούρας, η προσφορά ολοκληρωμένης εμπειρίας σε τουρίστες, επισκέπτες και μαθητές.